协恩中学位处何文田农圃道1号，学校的主楼于1937年落成。学校的历史最早可追溯至两间英国圣公会海外传道会学校，即1886年创立的飞利女子学校（Fairlea Girls' School）和1887年创立的维多利亚女校暨孤儿院（Victoria Home and Orphanage）。飞利女子学校是专为华人基督徒女童而设的中文学校，1924年起与圣士提反女子中学共用列堤顿道的校舍。1936年，飞利女子学校和维多利亚女校暨孤儿院合并，以「协恩」为校名，取「两校协作以见证神恩」之意。农圃道校舍由时任港督郝德杰爵士(Sir Andrew Caldecott) 奠基，并于1937年由香港首位华人主教、中华圣公会港澳教区主教莫寿增会督主持开幕典礼。

日占期间，日本陆军、海军及空军先后进驻该校，课室改成马厩。战后，校舍短暂改为拘留日军和作为印籍军人的军营。据拔萃男书院第六任校长施玉麒牧师（Rev. George She）忆述，1945年香港重光当日，协恩中学校长张陈仪贞已回校检视，着手处理修复校舍等事宜。协恩中学于1946年2月重开，是香港首批恢复教学的教会学校之一。

协恩师生蕙心兰质，于七七事变后，以不同方式支援内地同胞，包括自1937年9月起接收从广州等地逃难来港的学生，人数占全校学生三分之一；战后校方更为她们到内地升学，特地向侨务委员会呈请立案。在校学生也积极呼应香港学生赈济会的号召，参与「港九学生节食用三日，集款援助伤兵难民」活动，首日筹得五十余元，为全港学校之冠。因协恩中学于战时的贡献相当瞩目，故众多报章皆赞扬该校「对于慈善事业尤具热心」。

学校不对外开放