二帝书院位于元朗锦田水头村，由邓二帝会于清朝道光年间（一八二一至一八五○年）集资兴建。该会由十六名邓族的显赫士绅组成。二帝书院供奉原先放置于附近一座文昌塔内的文昌帝和关圣帝像，书院亦因而得名。书院其后成为一所重要学府，不少著名学者亦曾在此讲学。
二十世纪初推行现代教育，二帝书院亦转为一所小学，约有学生三十人。书院于第二次世界大战后停用。
书院是一所两进式建筑物，呈长方形，以青砖及夯土建成，外有围墙，围墙两端均设入口。可能基于风水原因，书院正门建于两进之间，有别于一般书院的布局。书院正门外的前院以白石铺砌，称为「白石巷」。二帝书院的全面修复工程于一九九四年底竣工。
二帝书院于一九九二年列为古迹。
［平面图］
