協恩中學位處何文田農圃道1號，學校的主樓於1937年落成。學校的歷史最早可追溯至兩間英國聖公會海外傳道會學校，即1886年創立的飛利女子學校（Fairlea Girls' School）和1887年創立的維多利亞女校暨孤兒院（Victoria Home and Orphanage）。飛利女子學校是專為華人基督徒女童而設的中文學校，1924年起與聖士提反女子中學共用列堤頓道的校舍。1936年，飛利女子學校和維多利亞女校暨孤兒院合併，以「協恩」為校名，取「兩校協作以見證神恩」之意。農圃道校舍由時任港督郝德傑爵士(Sir Andrew Caldecott) 奠基，並於1937年由香港首位華人主教、中華聖公會港澳教區主教莫壽增會督主持開幕典禮。

日佔期間，日本陸軍、海軍及空軍先後進駐該校，課室改成馬廄。戰後，校舍短暫改為拘留日軍和作為印籍軍人的軍營。據拔萃男書院第六任校長施玉麒牧師（Rev. George She）憶述，1945年香港重光當日，協恩中學校長張陳儀貞已回校檢視，著手處理修復校舍等事宜。協恩中學於1946年2月重開，是香港首批恢復教學的教會學校之一。

協恩師生蕙心蘭質，於七七事變後，以不同方式支援內地同胞，包括自1937年9月起接收從廣州等地逃難來港的學生，人數佔全校學生三分之一；戰後校方更為她們到內地升學，特地向僑務委員會呈請立案。在校學生也積極呼應香港學生賑濟會的號召，參與「港九學生節食用三日，集款援助傷兵難民」活動，首日籌得五十餘元，為全港學校之冠。因協恩中學於戰時的貢獻相當矚目，故眾多報章皆讚揚該校「對於慈善事業尤具熱心」。

學校不對外開放